菲斯是摩洛哥四大帝都中历史最为悠久的一座。于公元789年由伊德里斯一世—-先知的一位后裔所建立。他的儿子伊德里斯二世在809年决定将菲斯设为王朝的首都。自818年起，他在此接待8000个穆斯林家庭定居。7年后，城市人口随着犹太人和（突尼斯）凯鲁万人的到来得到增长。因为丰富的宗教、文化和建筑遗产，菲斯快速成为当时摩洛哥的宗教和文化中心。在此后的王朝战争和动乱时期，虽然菲斯未能一直保留其国家首都的地位，但却在不断扩张和变得更加美丽。如今，可以不夸张地说，菲斯是北非地区最地道、最有风味的一座城市。它的经学院、卡鲁因清真寺、阿拉伯-安达卢西亚艺术珍宝、中世纪古城、手工艺巧匠仍在继续传承并发扬着伊斯兰传统和文化。
在13世纪末，由于受到来自巴格达的阿拔斯王朝的迫害，伊德里斯流亡到了摩洛哥中部的柏柏尔人部落。在789年，他在菲斯河右岸建立起自己的城邦。菲斯也是摩洛哥第一座伊斯兰教城市。伊德里斯二世在此接待了数百位来自北非马格里布中部及西班牙的阿拉伯人，古城中心的安达卢西亚人聚居区El Adoua就是当年逃难至此的穆斯林在818年奠基和修建起来的。当时大约有来自西班牙科尔多瓦地区的1400个安达卢西亚家庭来此定居。7年之后，受凯鲁万（今突尼斯）驱逐而来的很多富有的、受过教育并习惯城市生活的工匠、商人陆续在河西边安定下来，这个城区被称为凯鲁万人区。穆拉比特王朝的酋长尤瑟夫-本-塔什芬在1063年包围了菲斯，并于1069年攻下菲斯。
作家Abou Obeid el-Bekri这样描写菲斯：“菲斯有两座城池，互相为邻并为各自的城墙环绕。它们之间是一条水流湍急的河。人们用河水驱动水磨，并在其上搭建桥梁渡河。”两座城池人口昌盛，其中混居着少数犹太人。来自穆拉比特王朝的征服者先是摧毁了原先的城墙，然后为两座城池修筑了一道统一的城墙，将这里打造成一座防御森严的要塞。虽然马拉喀什的缔造者，新的王朝首领没有选择菲斯作为首都。菲斯却因为在1096年成立穆拉比特学院（拥有一个图书馆）以及重新开通撒哈拉“黄金之路”而实现了在艺术、学术上的腾飞。在穆拉比特学院的讲坛上，伊玛目向民众宣扬王朝的荣耀。这里是政治和宗教权利的最高象征。这个讲坛的牌匾是法蒂玛王朝时期的（上方）靠背是倭马亚王朝时期的（支撑讲坛的部分），两个不同风格的部分见证了法蒂玛王朝和倭马亚王朝之间残酷的权力斗争。
公元985年，倭马亚王朝的哈里发在讲坛上新建了一个靠背以宣誓自己的胜利。每个星期五，在身着炫丽黑色华服的护卫队陪同下，苏丹来到大清真寺。他的前方有步兵和骑兵开队，为皇家车队在人流中开通一条道路。使他可以在周五的祷告中和信徒见面。在12世纪中期，阿卜杜勒·慕敏苏丹占领了“所有国家旅客到访”的菲斯。这里的商人开始和西班牙、马格里布中部地区、撒哈拉、中东乃至基督教国家从事贸易往来。安达卢西亚流亡者在这儿受到了很好的接待，他们同时为菲斯带来最新的丝织、皮革和金属制造技术。在12世纪末，菲斯拥有两万户家庭，到13世纪初，这里的制造业者达到了3500多家，菲斯变成一座繁荣昌盛之城。
在13世纪的前50年，马林王朝利用穆瓦希德王朝的衰落在1250年重新将菲斯设立为首都，这持续了两个世纪。马林王朝的统治者视自己为伟大的建造者，他们将菲斯建成一座伟大的城市。菲斯的发展终在14世纪初期达到了历史的巅峰。马林人在两个决策中犹豫不决：向北非扩地区扩张还是重新夺回传统的、指向西班牙的西北战略阵线。这使得菲斯在这段时期拥有了一个真正的行政中心。半旧城el-Jedid，位于城墙内部，拥有宫殿、清真寺、防御要塞和军营。经学院也是其中的重点组成部分。作为统治者的培训中心，这些诵经祷告的经学院可以保证伊斯兰教在以西非为界、直到北非地区的马格里布帝国的传播。15世纪初期，国际贸易得到长足发展，菲斯的商品开始销往印度、中国、东非以及波斯地区。菲斯商人向葡萄牙出售谷物及铜器，从英国进口工业品和纺织品，并向欧洲出口皮革和地毯。1437年，伊德里斯陵墓的发现在菲斯当地掀起了对这位城市缔造者的崇拜热情，牙买伊皇宫周边上因此发展出一个犹太人聚居区。
在15世纪的后50年，菲斯受到马林王朝末期国内动乱的极大影响。在动乱当中，1471年，随着被从西班牙驱逐的穆斯林和犹太人的到来，以及在1492年葡萄牙人从大西洋岸的登陆，都直接和间接促成了马林王朝的灭亡瓦塔斯王朝的建立。萨阿德王朝的谢里夫贵族在南方连连取得胜利，使他们在1524年占领了马拉喀什，并在1549年取得菲斯。因为马拉喀什被立为首都，菲斯失去原先的优势。在17世纪初，菲斯先后遭受了瘟疫、饥荒、战乱，城市人口锐减。
穆莱·拉希德在建立起脆弱的阿拉维王朝后，于1666年重新征服整个摩洛哥。他重振商业贸易，选择菲斯作为首都。
在18世纪前50年的漫长动荡期后，菲斯城重新找回原先的宁静和繁荣。得益于卡鲁因大学的领导和军队结成联盟，他们在菲斯形成一股强大的政治力量。虽然卡萨布兰卡后来居上，在经济上取得更重要的地位，菲斯保持了其在宗教、文化、精神和贸易上的领导地位。1911年，为镇压叛乱，苏丹阿卜杜勒-哈菲德请求法国支援。数月后，在1912年3月，阿卜杜勒-哈菲德签订《菲斯条约》，放弃主权，摩洛哥成为法国的被保护国。从那时起，根据一份详细而精确的城市规划图，菲斯新城（或者也可以叫‘欧式城区’）得到长足发展。新老城区共同迈出走向未来的脚步。有着千年历史的老城区，在向现代化开放的同时，依然保存了它久远厚蕴的魅力。虽然在后来，拉巴特成为摩洛哥的新首都，菲斯将作为摩洛哥人心中的精神首都而永远铭刻在历史之中。